استان سیستان و بلوچستان از دو منطقه متمایز تشکیل گردیده است. منطقه بلوچستان با 172305 کیلومتر مربع وسعت و از شهرستان های زاهدان، خاش، سراوان، ایرانشهر، بمپور،نیکشهر، چابهار، سرباز، کنارک، دلگان، زابلی، سیب وسوران،  قصر قند، فنوج و گلشن تشکیل می گردد.

منطقه سیستان نیز شامل شهرستان های زابل، زهک، نیمروز، هامون و هیرمند می باشد و 15917 کیلومترمربع مساحت دارد.

همجواری استان با کشورهای افغانستان و پاکستان با وجود بازارهای مصرف بی رقیب از یک سو و  شرایط خاص حاکم بر آن کشورها از سوی دیگر، این استان را از اهمیت بسیاری برخوردار ساخته است.

تهدیدات امنیتی و همچنین وجود بسترهای قاچاق کالا، سوخت و مواد مخدر ناشی از همجواری با مناطق مستعد در این زمینه در کشورهای مقابل موجب تشدید حفاظت از مرزها و ایجاد دیوار مرزی جهت مقابله با چالش های فراوان در این خصوص گردیده است.

ارتفاعات مهم منطقه بلوچستان عبارتنداز: تفتان با ارتفاع 4042 متر و بزمان با ارتفاع 3497 متر و تنها ارتفاعات مهم سیستان کوه خواجه است که 900 متر از سطح دریا دارد.

رودخانه های مهم استان شامل رودخانه هیرمند در سیستان است که شاهرگ حیاتی این منطقه می باشد. در بلوچستان رودخانه های مهم شامل رودخانه بمپور در ایرانشهر،‌ رودخانه سرباز در شهرستان سرباز، روخانه های کاجو و کهیر در نیکشهر،‌ رودخانه باهوکلات در چابهار و رودخانه ماشکید در سراوان است.